Le Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire (CSRS) et le Helmholtz Institute for One Health (HIOH), en Allemagne, recherchent un candidat ivoirien au doctorat pour rejoindre leur équipe One Health et contribuer à la recherche sur les maladies zoonotiques et la transmission des agents pathogènes à l’interface entre la faune sauvage et les populations humaines en Côte d’Ivoire, dans le cadre du projet ZooSursy.
Le projet vise à renforcer la surveillance des maladies zoonotiques, à faire progresser la recherche One Health et à améliorer la compréhension de la dynamique des maladies à l’interface entre la faune sauvage et les humains en Côte d’Ivoire.
Intégration institutionnelle
Le doctorant sera employé par le Centre Suisse de Recherches Scientifiques (CSRS) en Côte d’Ivoire. Le poste sera co-supervisé par le CSRS et le HIOH. Le programme sera réalisé en collaboration avec l’Office Ivoirien des Parcs et Réserves (OIPR) et la Direction des Services Vétérinaires (DSV).
Description du poste
Les activités du projet sont principalement menées dans le Parc national de Taï (PNT), dans les stations de terrain du projet Taï Chimpanzee (TCP), ainsi que dans les villages environnants. Le PNT constitue un site majeur pour la surveillance de la santé de la faune sauvage, la recherche écologique et le suivi de la biodiversité.
Le doctorant mènera des investigations sur les épisodes de mortalité et les foyers de maladies chez la faune sauvage dans le Parc national de Taï et dans d’autres régions. Il contribuera également à la formation des écogardes afin de renforcer la surveillance des carcasses d’animaux sauvages.
Le candidat collectera des échantillons biologiques et environnementaux ainsi que des données épidémiologiques et écologiques sur le terrain. Il réalisera également des analyses de laboratoire sous la supervision du CSRS, du CHU de Bouaké et du HIOH.
En outre, le candidat retenu étudiera le rôle des arthropodes nécrophages dans l’épidémiologie des maladies zoonotiques.
Le candidat sera basé au CSRS et travaillera en étroite collaboration avec un collègue doctorant français pour les activités de terrain et de laboratoire.
Le programme prévoit :
- Au moins deux séjours de six mois pour le travail de terrain dans le PNT. Le projet comprend également des séjours plus courts pour des formations dans les villages autour du PNT. Des visites sur d’autres sites peuvent être nécessaires.
- Au moins six mois au CHU de Bouaké pour les analyses de laboratoire.
- Au moins six mois au HIOH, en Allemagne, pour des formations techniques et de laboratoire avancé.
Lieux de travail
Travail de terrain : deux séjours de six mois dans les stations de terrain du Parc national de Taï. Des séjours plus courts sont prévus pour les formations dans les villages autour du Parc national de Taï.
Travail de laboratoire : au CHU de Bouaké ainsi qu’au HIOH, à Greifswald, en Allemagne, pendant au moins six mois.
Travail de bureau : CSRS, Abidjan.
Responsabilités
- Revue de la littérature
Réaliser une revue de la littérature sur la santé de la faune sauvage, l’écologie des maladies zoonotiques, l’émergence des agents pathogènes et les interfaces entre les humains et la faune sauvage, avec un accent particulier sur les écosystèmes ivoiriens, les populations de faune sauvage et les voies de transmission des maladies.
- Investigations de terrain
- Échantillonner les restes et les carcasses d’animaux dans le PNT.
- Investiguer les foyers de maladies chez la faune sauvage.
- Effectuer des prélèvements non invasifs sur la faune sauvage, notamment des fèces, de l’urine et des échantillons environnementaux, dans le PNT et les villages environnants.
- Échantillonner les insectes nécrophages afin d’évaluer leur rôle dans l’écologie des agents pathogènes zoonotiques.
- Former les écogardes aux techniques d’échantillonnage pour la surveillance de la mortalité de la faune sauvage.
- Contribuer aux recherches lors des foyers de maladies zoonotiques, en collaboration avec les autorités nationales et les partenaires du projet.
- Veiller à ce que toutes les investigations de terrain soient menées de manière éthique, en utilisant des méthodes d’échantillonnage non invasives et sans interférer avec les activités de réponse aux foyers.
- Analyses de laboratoire
- Participer aux formations de laboratoire dans les institutions partenaires.
- Extraire les acides nucléiques (ADN et ARN) à partir de différents types d’échantillons, notamment les échantillons de nécropsie, les échantillons fécaux et les échantillons d’arthropodes.
- Réaliser des tests PCR pour la détection des agents pathogènes ciblés.
- Effectuer le séquençage à haut débit sur des échantillons positifs sélectionnés afin de générer les génomes complets des agents pathogènes.
- Utiliser des approches de métabarcodage de l’ADN pour identifier les espèces de vertébrés présentes dans les échantillons environnementaux et les échantillons d’arthropodes nécrophages.
- Contribuer à la détection et à la caractérisation des agents pathogènes, notamment des agents zoonotiques tels que le virus Monkeypox, les filovirus, Bacillus anthracis et d’autres agents infectieux émergents d’importance pour la santé animale et la santé publique.
- Contribuer aux analyses génomiques et à la comparaison des séquences d’agents pathogènes générées dans le cadre des activités du projet et par les laboratoires partenaires.
- Tâches transversales
- Soutenir les investigations nationales et régionales de foyers, en collaboration avec les autorités de santé publique et le Helmholtz Institute for One Health.
- Participer aux investigations épidémiologiques, notamment aux entretiens avec les personnes affectées et les membres des communautés concernant l’exposition à la faune sauvage, les pratiques de chasse, la manipulation des animaux et les habitudes de consommation.
- Contribuer à la reconstruction des chaînes de transmission et à l’identification des cas index potentiels, en collaboration avec les autorités nationales désignées.
- Participer à la gestion, à l’analyse et au partage sécurisé des données liées aux foyers, conformément aux réglementations nationales et aux accords du projet.
- Préparer des rapports techniques et des productions scientifiques liés à la surveillance de la santé de la faune sauvage, à l’écologie des maladies zoonotiques et aux investigations de foyers.
- Contribuer aux activités de communication et de sensibilisation visant à réduire les risques zoonotiques associés au contact, à la manipulation et à la consommation de la faune sauvage.
- Rapports
- Préparer des rapports mensuels d’avancement à l’intention des superviseurs.
- Préparer des rapports trimestriels pour le CSRS et le CHU de Bouaké.
Profil du candidat
Les qualifications requises comprennent un diplôme de Master en médecine vétérinaire, biologie animale, foresterie ou dans un domaine connexe. Une expérience en santé de la faune sauvage, en primatologie, en conservation ou en biologie moléculaire constitue un atout.
Le candidat doit obligatoirement être de nationalité ivoirienne.
Aptitudes et qualités requises
Les candidats doivent :
- Avoir une excellente condition physique.
- Être capables de travailler de manière autonome.
- Être capables de travailler au sein d’une équipe internationale.
- Être disposés à passer de longues périodes dans des zones isolées, dans des conditions de vie simples.
- Faire preuve de résistance au stress.
- Manifester un intérêt pour le travail de terrain à long terme.
- Posséder de bonnes compétences en rédaction scientifique.
- Avoir des capacités d’analyse des données.
- Être motivés pour apprendre les méthodes de laboratoire.
Compétences techniques
- Collecte de données de terrain.
- Utilisation du GPS et de l’appareil photo.
- Maîtrise de l’outil informatique : traitement de texte, tableurs et tableaux croisés dynamiques.
- La connaissance de R, Python, des systèmes d’information géographique (SIG) et de la bio-informatique constitue un avantage.
Exigences supplémentaires
- La connaissance des problématiques liées à la santé humaine et à la santé de la faune sauvage en Afrique de l’Ouest constitue un avantage.
- Une connaissance de base de l’anglais constitue un atout.
Instructions pour la candidature
Les candidats intéressés doivent soumettre les documents suivants :
- Une lettre de motivation précisant la référence de l’annonce.
- Un curriculum vitae détaillé de deux pages maximum.
- Une copie du diplôme de Master 2 ou une attestation de réussite.
- Une copie de la carte nationale d’identité ou du passeport.
- Les coordonnées d’au moins deux enseignants-chercheurs ou chercheurs référents.
Le dossier de candidature, adressé au Directeur général du CSRS, doit être rédigé en français.
Les candidats doivent indiquer la référence de l’offre : CSRS/ THESE / ZOOSURSY / CSRS /17_2026.
Le dossier doit être envoyé par courriel aux adresses suivantes :
- À : [email protected]
- En copie : [email protected]
Date limite et début du contrat
- Date limite de candidature : 30 novembre 2026 à 18 h 00.
- Date de début : dès que possible.
- Durée du contrat initial : trois ans.
NB : Seuls les candidats retenus seront contactés pour un entretien final.
Site web : www.csrs.ch
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